1、由于秸秆还田量过大或不均匀易发生土壤微生物(即秸秆转化的微生物)与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象。因此在秸秆直接还田时，一般应适当增施一些氮肥。2、秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长。因此，播种后应及时进行镇压或浇水。3、秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或者越冬来年发生。
1、秸秆还田需消耗大量的氮，要加大氮肥用量。2、土壤过于疏松，影响种子发芽生长。3、秸秆还田田间病虫害加重。
