茄子黄萎病病菌以休眠菌丝、厚垣孢子和微菌核随病残体在土壤中越冬，一般可存活6~8年，微菌核可存活14年，成为翌年病害初侵染来源。病菌也能以菌丝体和分生孢子在种子内越冬，是病害远距离传播的主要途径。带菌土壤、肥料随气流、雨水、人畜和农具等传播。从根部伤口或从幼根表皮直接侵入引起发病。发病适温为19~24℃，一般气温20~25℃，土温22~26℃和湿度较高的条件下发病重。
茄子黄萎病的病菌随病残体在土壤中或附在种子上越冬，成为来年的初侵染源，病菌在土壤中可存活5－6年，借风雨，流水，人畜，农具传播发病，病菌从根部的伤口或直接从幼根表皮及根毛侵入，后在维管束内繁殖，并扩展到枝叶，定植时根部有伤口，利于病菌的侵染。
