果穗及籽粒均可受害，被害果穗顶部或中部变色，并出现粉红色、蓝绿色、黑灰色或暗褐色、黄褐色霉层，即病原蓖的菌体、分生孢子梗和分生孢子。病粒无光泽，不饱满，质脆，内部空虚，常为交织的菌丝所充塞。果穗病部苞叶常被密集的菌丝贯穿，黏结在一起贴于果穗上不易剥离，仓贮玉米受害后，粮堆内外则长出疏密不等，各种颜色的菌丝和分生孢子，并散出发霉的气味。
果穗染病端部变为紫红色，有时籽粒间生有粉红色至灰白色菌丝，病粒失去光泽，不饱满，发芽率降低，播后易烂种。轻的幼苗生长发育不正常，叶片变黄。有时表现茎腐病症状，茎秆局部褐色，髓部变成紫红色，易倒折。叶鞘染病生有橙色点状分生孢子团。
玉米穗腐病症状是：果穗花丝黑褐色、水浸状、穗轴顶端及籽粒变成黄褐色、粉红色或黑褐色，并扩展到全部果穗，失收。
发病初期果穗花丝黑褐色，水浸状，穗轴顶端及籽粒变成黄褐色，粉红色或黑褐色，并扩展到果穗的1/3～1/2处，当多雨或湿度大时可扩展到全部果穗。患病的籽粒表面生有灰白色或淡红色霉层，白絮状或绒状，果穗松软，穗轴黑褐色，髓部浅黄色或粉红色，折断露出维管束组织。
