1、起源：水果玉米起源于中美洲和南美洲，普通玉米起源于中国。2、口感：水果玉米的口感较糯，可以生吃或烹饪食用，而普通玉米口感绵软，只能煮熟食用。3、分类：水果玉米会通过味道划分，而普通玉米会通过颜色划分。
1、两者的特点不同：(1)水果玉米的特点：植株较矮，分蘖力较强；果穗苞叶上有旗叶。子粒淡黄或白色，胚较大，乳熟期子实柔嫩、富含水溶性多糖、维生素A、维生素C、脂肪和蛋白质等。(2)普通玉米的特点：栽培技术简单、周期短，具有较高的经济价值、营养价值和加工价值，深受玉米产业者的欢迎。2、两者的起源不同：(1)水果玉米的起源：水果玉米起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲。(2)普通玉米的起源：中国是普通糯玉米的世界起源中心，栽培历史悠久。3、两者的分类不同：(1)水果玉米的分类：水果玉米从含糖量上分为普通型水果玉米、超甜型水果玉米、加强甜水果玉米。超甜玉米是可以直接生食的品种。从颜色上分为：黄色、白色、双色(黄白相间)、和纯白色四种。(2)普通玉米的分类：糯玉米按照颜色可以分为白色糯玉米、黄色糯玉米、黑色糯玉米(俗称黑珍珠)、彩色糯玉米(花糯)。
水果玉米大多数呈黄色，其淀粉含量较低，蛋白质及维生素的含量比普通玉米高1~2倍，硒含量则高出8~10倍，并且比较易于人体消化和吸收。不过水果玉米的含糖量较高，总糖量达33.6%，比一般水果高一倍左右，当然更不建议糖尿病人群食用。
起源不同：水果玉米起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲。中国是普通糯玉米的世界起源中心，栽培历史悠久。分类不同：水果玉米从含糖量上分为普通型水果玉米、超甜型水果玉米、加强甜水果玉米。颜色有黄色、白色、双色、和纯白色四种。普通玉米照颜色可以分为白色糯玉米、黄色糯玉米、黑色糯玉米、彩色糯玉米。
