植株的细根首先褐变，不久开始腐烂并消失。切开接近地面部位的病茎，可以发现维管束微有褐变，并从该部位分泌出白色混浊污汁。辣椒的主要症状是植株迅速萎蔫、枯死，茎叶仍保持绿色。病茎的褐变部位用手挤压，有乳白色菌液排出。在高温高湿、重茬连作、地洼土黏、田间积水、土壤偏酸、偏施氮肥等情况下，该病容易发生。
辣椒青枯病初期症状，仅表现为最幼嫩的1至几片叶萎蔫，最初萎蔫尚可恢复，以后趋于稳定。条件合适时，2-3天即可表现为全株萎蔫。叶片从下向上变黄退绿，后期叶片呈褐色焦枯。在气温偏低，空气湿度较大，或品种比较抗病时，植株茎上常产生不定根和气生根。病茎剖面，初期导管呈黄色或淡褐色。以后逐渐变成深褐色，植株完全萎蔫时，髓部和皮层组织也变褐色，严重时茎的外表皮，形成水渍状病斑或粗糙不平。横剖开茎，可见污白色至黄白色菌脓从维管组织中溢出。果实被害，表面正常，内部组织变褐色，后期病果呈水渍状，果柄基部产生离层，病果易脱落。植株根部可表现为局部或整个根系均变褐色。
局部侵染，全株发病。其症状显著的特点有三：一是植株叶色尚青绿(仅欠光泽)就萎垂，中午尤为明显；二是病程进展较急促，通常始病后三几天就全株枯死；三是拔起初期病株不易断头。剖检根茎维管束变褐，潮湿时挤捏茎部切口渗出粘质物，用夹玻片法检查病茎切片周围呈现米水状混浊液，或把病茎小段悬吊浸于清水中，稍顷可见雾状物涌出(皆为菌脓)。此有别于辣椒枯萎病或侵染性根腐病。
