大豆立枯病仅在苗期发生,主要危害幼苗的茎基部或地下根部。发病初期,病斑多为椭圆形或不规则形状,呈暗褐色。幼苗在早期表现为白天萎蔫、夜间恢复,病部逐渐凹陷、溢缩,甚至变为黑褐色。当病斑扩大绕茎一周时,整个植株会干枯死亡,但仍不倒伏。发病较轻的植株仅出现褐色凹陷病斑而不枯死。幼苗和幼株主根及近地面茎基部出现红褐色稍凹陷的病斑,皮层开裂呈溃疡状。病菌的菌丝最初无色,以后逐渐变为褐色。病害严重时,植株外形矮小,生育迟缓,靠地面的茎呈赤褐色,皮层开裂,呈溃疡状。当苗床湿度较大时,病部可见不甚明显的淡褐色蛛丝状霉。立枯病不产生絮状白霉、不倒伏且病程进展慢,可区别于猝倒病。