病菌以菌丝体和菌核随病残体在土壤中越冬，病残体分解后病菌也可在土壤中腐生存活2~3年。在适宜条件下，病菌菌丝直接侵入农村主引起发病。
胡萝卜根腐病病菌可在土壤中长期存活，借雨水、灌溉水、带菌粪肥、农具、种子传播。多在土壤温度较低，且含水量高时引发病害。
胡萝卜种植地多年重茬栽培，导致土壤有害病菌多，胡萝卜容易受到病菌感染，引发胡萝卜出现根腐病。田间使用未腐熟的有机肥料，在土壤里面继续发酵，使胡萝卜根部容易感染根腐病。胡萝卜生长期，土壤水分过多，也会引发根腐病。
胡萝卜根腐病的发病规律是病菌以菌丝体和菌核病残体在土壤里越冬，病残体分解后病菌也可在土壤里腐生存活二三年。
