抗寄生虫药物一般都有毒性，使用时应注意以下几点：首先，对症下药，在诊断明确的基础上根据寄生虫的特点（如生活发育、药敏等）选用高效、低毒、广谱药物。其次，严格按照药品说明的浓度配制和给药，防止中毒等不良作用。再次，为防止药物在鸡体内或蛋品中残留，影响产品质量，对产蛋鸡或肉鸡在产蛋期或宰前必须停药或限制使用。此外，灭虫应与环境卫生和消毒相结合，用药同时要清洗消毒鸡舍内器具和清除粪便，集中消毒处理。
应用抗寄生虫药时，还需注意：正确认识和处理好药物、寄生虫和宿主三者之间的关系，合理使用抗寄生虫药。三者之间相互影响、相互制约，因此选用抗寄生虫药时应了解药物对虫体的作用、宿主体内的代谢过程及对宿主的毒性，同时掌握寄生虫的寄生方式、生活史、流行病学和季节动态感染强度及范围。为更好发挥药物的作用，还应熟悉药物的理化性质、剂型、剂量、疗程和给药方法等。
为控制好药物的剂量和疗程，在使用抗寄生虫药进行大规模驱虫前，务必选择少数动物先作驱虫试验，以免发生大批中毒事故。在防治寄生虫病时，应定期更换不同类型的抗寄生虫药物，以避免或减少因长期或反复使用某些抗寄生虫药而导致虫体产生耐药性。为避免动物性食品中药物残留危害消费者的健康和造成公害，应熟悉掌握抗寄生虫药物在食品动物体内的分布状况，遵守有关药物在动物组织中的最高残留限量和休药期的规定。含有残毒的动物产品对人体健康危害很大，因此，禁止使用有机氯等杀虫药。对某些抗蠕虫药、抗原虫药等也有条例规定，如使用左咪唑后，宜隔7天肉方可供食用；使用噻苯咪唑则需1个月后，方可屠宰供食用。