主要危害茎蔓和果实，苗期和成株期都可发生。茎蔓受害初期呈现淡褐色水渍状斑，茎蔓软腐，长出白色菌丝，病茎纵裂干枯，病部以上茎叶萎蔫枯死，病茎内有鼠粪状黑色菌核。果实受害，先侵染残花部，形成水浸状病斑腐烂，表面长满棉絮状菌丝体后形成黑色菌核。病原为真菌，随病残体在土壤中越冬，随气流传播蔓延，侵染衰老的花瓣或叶片。低温、高湿或多雨的早春或晚秋利于该病发生和流行。
(1)实行与非茄科及十字花科蔬菜进行2年以上轮作。(2)及时清洁田园，尤其要把病果清除带出田外烧毁或深埋。(3)培育壮苗，适时定植，合理密植。雨季及时排水，尤其下水头不要积水；(4)保护地栽培要加强放风，防止棚内湿度过高。(5)及时喷洒杀虫剂防治烟青虫等蛀果害虫。加强对棉铃虫等蛀果害虫的防治[1]，蛀果害虫会在果实上造成伤口，引发病害。可用5%功夫乳油5000倍液，或20%多灭威2000～2500倍液，或4.5%高效氯氰菊酯3000～3500(6)杀菌农药防治，雨前雨后及时喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或嘧啶核苷类抗菌素1000倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液、77%可杀得101可湿性微粒粉剂500倍液、38%恶霜菌酯水剂800倍液。
黄瓜菌核病的防治方法主要有茬口轮作、及时进行清洁田园以及加强栽培管理。在发病初期还可以喷药防治；春季遇连续阴雨，可选用烟熏防治；此外，当发现田间始发病的病株、病枝，还可将药剂用毛笔等涂在病部进行防治。
