病害有霜霉病、灰霉病、猝倒病、白粉病、炭疽病、早晚疫病、疮痂病、根腐病、枯萎病等，虫害有棉铃虫、青虫烟、白粉虱、蚜虫、红蜘蛛、茶黄螨等。
主要是对西红柿的根腐病、灰霉病、晚疫病以及病毒病的防治，根腐病用72.2%普力克(丙酰胺)水剂400～600倍液浇灌西红柿苗，在移栽西红柿苗后，用72.2%普力克水剂400～600倍液灌根；灰霉病要合理控制温度湿度，并保持种植地的通风，可以减少病原菌的存在，西红柿蘸花时加0.3%扑海因悬浮剂或可湿性粉剂进行防治；晚疫病主要保持通风，避免因为种植密度过大而发生病害，发现病害及时喷药方式；病毒病发病后，用艾美乐(吡虫啉)70%水分散粒剂3～4克兑水30～45公斤喷雾，可以切块病毒病传播途径，感染病毒病后，喷施植病灵1000倍液或病毒清，以减轻毒害的为害程度。
