小麦纹枯病主要危害植株基部的叶鞘和茎秆。小麦发芽后,芽鞘受病菌侵染变褐最后腐烂枯死。在3~4叶期时叶鞘上先产生淡黄色小斑点,后发展成典型的黄褐色梭形或眼点状病斑。病部逐渐扩大,颜色变深,并向内发展延及茎秆,基部茎节腐烂,幼苗不抽新叶,猝倒而死亡。小麦苗期感病后,病部初呈暗绿色小斑,后渐扩大呈云纹状大斑。潮湿条件下,病部出现白色的菌丝体,有时出现白色粉状物。后期病部表面产生褐色菌核。小麦生长中期至后期叶鞘上的病斑呈云纹状花纹。茎杆上有云纹状斑纹,茎叶变黄。在拔节期间,根茎部会出现黑褐色的斑点,非常明显,是纹枯病的典型症状。小麦的麦尖发黄,叶鞘出现淡黄色小斑点,根部出现纹理交错的斑纹状黄色斑纹,通称“花秆”,严重的出现深褐色腐烂。