棉花枯黄萎病防治方法主要有：实行水旱轮作；选用抗病无病品种；增施有机肥，加强田间管理，提高抵抗力；发现病株应拔除并带出田间销毁，病株周围一米范围进行士壤处理灭菌。
加强田间管理、实行大面积轮作。最好与禾本科作物轮作，提倡与水稻轮作，防病效果明显。加强田间管理目的有两个，即减少病菌传播和提高植株抗性。具体做法：一是冬闲时期及时清除棉花地的棉柴、杂草及地面的剩余棉花残枝叶，防止病菌传播；二是秋耕深翻，把表层病菌翻到深层，病残体深埋地下，发酵分解，减轻发病。三是加强中耕，提高土壤通透性，尤其雨后及时中耕松土，散墒降湿，可降低病害发生。四是科学施肥，增施有机肥，实行氮磷钾配方施肥，增强棉花抗病能力，减轻危害。同时根据棉花长势，进行叶面肥喷施过程，尤其避免后期出现脱肥现象；五是合理密植，严格防止棉株过密，影响通风透光，并及时整枝、化控，提高棉株抗逆性；六是拔除病株清除病残对病株残体，带到田外烧掉，不要作积肥材料。
