西红柿苗期病虫害多种多样，主要有立枯病、猝倒病、红蜘蛛、蚜虫等。以农业生产措施预防为主，结合化学药剂防治。根据病情合理选择药品，可选用甲霜灵+多菌灵拌土进行防治。
猝倒病在幼苗出土后遇到连续阴天降雨最易发生，茎基部生水渍状病斑，继而绕茎缢缩，幼苗倒伏死亡。防治方法是避免阴雨天浇水，及时放风防止空气湿度过大。可喷施72.2%的普力克水剂600倍液，或60%的氟吗锰锌可湿性粉剂800倍液。
立枯病由立枯丝菌核引起，播种过密或间苗不及时，温度过高时发病重，多在定植后发生。表现为病茎基部颜色变褐，后病部变细缢缩，茎叶萎蔫，最明显的症状是幼苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，幼苗逐渐枯死，不倒伏。可喷施20%的甲基立枯磷乳油1000倍液或95%的恶霉灵原药3000倍液防治。
水肥一体化管理，培育壮苗是防治西红柿苗期病虫害的关键。
