从幼果期就可能开始染病，开始变为紫色，之后变为紫褐色，果面软腐，最后干枯，通常见不到霉层。大果染病，多从接近果实蒂部的果面开始显症，出现褐色不规则形病斑，稍凹陷，在湿度高时，果蒂部开始呈暗绿色水浸状，果肉软腐，晴天病果失水略皱缩。果面出现白色粉状霉，曾发现很多人面对此症状时很容易误诊，诊断时一定要注意是白色粉状霉，之后整个果实软腐，与细菌性软腐病症状十分相似，注意不要误诊，果实逐渐大量失水干缩，果皮变皱，果实形状发生变化，体积缩小，果面在湿度髙时布满粉状霉层。最后染病果实完全失水干缩，果皮变皱，呈僵果挂在枝上或脱落，湿度高时果实变黑湿腐。
果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸，状斑，迅速变褐软腐，湿度大时表面长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果，残留在枝上。
果实发病，病斑初为水渍状暗绿色，后灰白色软腐，有时有深褐色同心轮纹，病果可干缩而不脱落，潮湿天气病果上可产生稀疏白色霉层。
辣椒果实染病，病斑呈水渍状暗绿色软腐，边缘不明显，潮湿时，病部扩展迅速，可全果软腐，果上密生白色霉状物，干燥后变淡褐色、枯干。
果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。辣椒疫病对产量、品质影响极大，严重时减产50%以上。
