番茄在苗期和花芽分化期遇低温，其次激素使用不当有时也会造成畸形果，此外在番茄花芽分化期，如果植株营养积蓄过多，易使花畸形，并导致果畸形。
1、温度不合适。在西红柿花芽分化期温度过高过低，都会影响到西红柿正常的花芽分化，一旦前期花芽分化不好，后期就会导致畸形果出现。比如冬季西红柿花芽分化夜间温度不得低于12度，夏季白天不宜超过30度，但是夏秋季节很多地区温度比较高，白天温度超过35度很正常，所以造成后期畸形。2、蘸花操作不当。蘸花激素浓度过高，尤其是在高温时期，要适当的降低蘸花浓度，否则也会形成畸形果，或者蘸花时间不合适，比如蘸花过早极易形成僵果，过晚则会引起裂果。3、养分失衡。西红柿生长发育需要多种养分，如果缺乏某些养分时，也会造成其果实畸形，尤其是中微量元素的缺乏，比如缺钙、缺硼等容易造成畸形花、畸形果。如果营养生长过晚，或者在果期遇连续阴雨天气，极易造成植株徒长，影响到植株的生殖生长，使得花果生长所需养分不足，从而形成畸形果。
