注意寻找抗病品种，因地制宜选育和换种抗病高产良种。加强调查和检查，一经发现初发病株，应尽早挖毁，并对挖毁的病株插上竹标记，对病情继续进行监测，收获时注意从无病藕田选择健株作种藕，防止带菌传病。合理轮作是目前防治此病最有效的方法，轮作周期一般为2～3年。合理施肥，不偏施氮肥，增强植株抗病性，施用发酵腐熟有机肥配合施用一定数量微量元素肥料等。
主要为蚜虫带毒传播，防治传毒蚜虫：吡蚜酮、氟啶虫胺腈、以及烟碱类杀虫剂(如噻虫嗪、呋虫胺、吡虫啉等)。于当地蚜虫迁飞高峰期及时杀蚜防病，同时挖除病株，以防扩大传染。
发病前期到初期：盐酸吗啉胍、寡糖·链蛋白、氨基寡糖素、香菇多糖等。在发病初期开始喷药，每隔10天左右1次，视病情连续防治2～3次。药剂可选用20％毒克星可湿性粉剂500倍液，或5％菌毒清可湿性粉剂500倍液，或20%盐酸吗啉双呱·胶铜可湿性粉剂500倍液、或20％病毒宁水溶性粉剂500倍液，或0.5％抗毒剂1号水剂250倍液。
种植前，用70%甲基托布津1000倍液或75%百菌清800倍液喷雾闷种，盖农膜密闭24小时，晾干后种植。发病初期，用75%百菌清0.5千克加泥土30千克，拌匀后撒入浅水田内，或用50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液、50%托布津可湿性粉剂800～1000倍液，每隔7～10天喷一次，连喷2～3次，均有一定效果。
