主要是穗腐，在小麦扬花时，初在小穗和颖片上产生水浸状浅褐色斑，渐扩大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。
穗腐小麦扬花时，初在小穗和颖片上产生水浸状浅褐色斑，渐小麦扬花期发病扩穗部发病大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。后期其上产生密集的蓝黑色小颗粒(病菌子囊壳)。用手触摸，有突起感小麦赤霉病病穗症状觉，不能抹去，籽粒干瘪并伴有白色至粉红色霉。小穗发病后扩展至穗轴，病部枯褐，使被害部以上小穗，形成枯白穗。茎基腐自幼苗出土至成熟均可发生，麦株基部组织受害后变褐腐烂，致全株枯死。秆腐多发生在穗下第一、二节，初在叶鞘上出现水渍状褪绿斑，后扩展为淡褐色至红褐色不规则形斑或向茎内扩展。病情严重时，造成病部以上枯黄，有时不能抽穗或抽出枯黄穗。气候潮湿时病部表面可见粉红色霉层。
小麦赤霉病主要有穗枯、穗腐和红麦头三种表现。①穗枯：在小穗和颖片上会有水状浅褐色的斑点，后期斑点逐渐扩大至整个小穗，表现枯黄；②穗腐：只要发生在抽穗后期，可引起苗枯、茎腐、基腐，使病穗枯黄、子粒干瘪、霉烂；③红麦头：气候潮湿时病部表面可产生粉红色胶状霉变。
主要引起苗枯、穗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，从幼苗到抽穗都可受害。其中影响最严重是穗腐。苗腐是由种子带菌或土壤中病残体侵染所致。先是芽变褐，然后根冠随之腐烂，轻者病苗黄瘦，重者死亡，枯死苗湿度大时产生粉红色霉状物(病菌分生孢子和子座)。
