玉米收获后，应尽早处理玉米秆、玉米穗轴和根茬，可采用粉碎做饲料、氨化、沤制农家肥等措施。若处理不完，需集中焚烧，防止病菌扩散，避免次年发病。大型农机具的普及使得秋天可对土地进行深翻，将落叶、根茬、倒伏茎秆一同深翻到地下，减少发病机会。病菌在土壤、粪肥或种子上越冬，成为翌年初侵染源。种子带菌是远距离传播的主要途径，厚垣孢子在土壤中存活2～3年。
防治玉米黑穗病的措施包括：
1.选育和推广抗病品种。不同玉米品种对黑穗病的抗性差异明显，选育抗病品种是最根本、有效的措施。
2.实行轮作倒茬。3年以上的轮作可有效减轻玉米黑穗病，特别是在病害严重地区，应多种植薯类、豆类、花生、瓜菜等作物，避免连续重茬种植。若无法倒茬，应轮换种植抗病品种。
3.规范购种渠道。从有种子经营许可证的单位购买种子，推广使用包衣种子或进行药剂拌种。未包衣的种子播种前需用立克秀、锈粉宁、多菌灵、甲基硫菌灵等药剂拌种，闷种4小时后晾干使用。干旱年份或旱坡地，提倡使用速保利药剂拌种，避免“白子”下种。
4.结合田间管理及早铲除或拔除病株。病害严重植株在抽雄前即可表现出矮化、丛生、多分孽等症状，最显著特征是节间缩短、植株矮化、叶色深绿、叶片增厚、顶端向一侧弯曲。结合中耕除草及早铲除病株，抽雄后病穗黑粉尚未散落前，及时割除并带出田外深埋，同时将病株割倒放于田间。切勿用病株病穗做饲料或积沤肥料。
玉米黑穗病由病源菌引起，防治方法包括消除病源（清除玉米秸秆）、药剂拌种防治、抽雄期使用戍唑醇防治。发病原因包括种子带菌、土壤带菌、播种过早、地温低、品种抗病能力差。防治方法是适时播种和药剂拌种。
