口腔和蹄部：猪口蹄疫首先影响的是口腔黏膜和蹄冠、蹄叉、蹄踵处，这些部位的皮肤会先发红、发热、疼痛，随后形成米粒大小的水泡，这些水泡会逐渐增大融合成蚕豆大的糜烂面，破裂后会表面出血，形成暗红色的糜烂面。
病死猪尸体消瘦，鼻盘、唇内黏膜、齿龈舌面上发生大小不一的圆形水疱和糜烂病灶。个别猪局部感染化脓，有脓样渗出物。心肌病变具有重要诊断意义，心包膜有弥散性及点状出血，心肌切面有灰白色或淡黄色斑点或条纹，好似老虎身上的斑纹，所以称为“虎斑心”，此病变尤以突然死亡的仔猪明显。
病变是“虎斑心”，即心肌切面可见淡黄色或灰白色的条纹或斑块，类似虎皮上的虎斑。另外心包膜上有出血点，有出血性肠炎，喉咙、气管、支气管和胃黏膜等多处出现溃烂。
口蹄疫病牛的尸体一般消瘦，被毛粗乱，口腔发臭，口外粘附着泡沫状唾液。并有口蹄疫特有的水泡、烂斑等。剖检时于第一胃粘膜尤其在肉柱上可见到特征性的水泡和烂斑溃疡，大小从黄豆大、蚕豆大至指头大不等。多呈圆形，比口腔烂斑深，四周隆起，边缘不齐，中央凹陷，呈暗红色或黄红色，部分被黄色粘液或红色结痂覆盖，少则1~20个，多的有80~90个。有时也会在第三胃和第四胃上出现烂斑和溃疡。第四胃与肠道粘膜有充血、出血、轻度炎症，也有的肠粘膜炎症较重，甚至肠内有含血液的。
最特征性的病变是“虎斑心”，即心肌切面可见淡黄色或灰白色的条纹或斑块，类似虎皮上的虎斑。另外心包膜上有出血点，有出血性肠炎，喉咙、气管、支气管和胃黏膜等多处出现溃烂。
