首先要保证不缺水，不受旱，一般田间保持30毫米的水层，使稻株对养分的吸收运转畅通，保持最大的光合效率，促进颖花分化，减少颖花败育。寒冷及高温地区，可适当加深水层调温，使土温比较稳定，避免因气温高低变化影响穗分化。其次在水稻抽穗扬花期不能长时间深水管理，深水管理导致根系活力减低，根系早衰，作物养分输送受阻，抗病性减退。所以此阶段的水分管理应以间歇湿润灌溉方式为主，即采取“陈水不干，新水不进”的灌溉方法，促进水稻植株稳健生长。
水稻抽穗扬花期需水量较大，对水分十分敏感。此时田间缺水，会影响水稻的开花和授粉受精。一般应保持2-3厘米深的水层，以利水稻正常开花和授粉受精，为高结实率打下基础。尤其在冷空气来临时或大风降温、久雨猛晴前应及时灌深水，以水调温和减轻低温危害。
