1、选种抗病棉花品种，提高播种质量，适期播种，培育壮苗。2、播种前必须精选高质量棉种，经硫酸脱绒，以消灭表面的各种病菌，淘汰小籽、瘪粒、杂籽及虫蛀籽，再进行晒种30～60小时，以提高种子发芽率及发芽势，增强棉苗抗病力。在播种前用干种子重量0.2％的二氯萘醌拌种、或用种子重量0.5%的15%恶霉灵水剂拌种。3、耕种帮建议采用营养钵、营养盘等快速育苗技术育苗。苗土选用无病新土或大田土，肥料充分腐熟。4、底水浇足后适当控水，播种和刚分苗后注意适当控水和提高管理温度，切忌浇大水或漫灌。5、对苗床喷72.2%霜霉威水剂600倍液、或98%恶霉灵可湿性粉剂2500倍液，进行土壤消毒。6、在发病初期用25%甲霜灵可湿性粉剂3000倍液、或喷72.2%霜霉威水剂400倍液。7、在寒流及阴雨前及时喷药保护，一般在出苗80％左右应进行喷药，以后根据病情决定喷药次数及药剂种类和浓度，常用药剂有0.25％～0.5％等量式波尔多液。
棉苗猝倒病防治方法：(1)农业防治：①选种抗病品种，提高播种质量，适期播种，培育壮苗。②提倡采用营养钵、营养盘等快速育苗技术育苗。苗土选用无病新土或大田土，肥料充分腐熟。③加强水分管理。底水浇足后适当控水，播种和刚分苗后注意适当控水和提高管理温度，切忌浇大水或漫灌。④及时清除病苗和邻近病土。(2)化学防治：①苗床喷72.2%霜霉威水剂600倍液，或98%恶霉灵可湿性粉剂2500倍液，进行土壤消毒。②用种子重量0.5%的15%恶霉灵水剂拌种。③发病初期用25%甲霜灵可湿性粉剂3000倍液，或喷72.2%霜霉威水剂400倍液。