番茄立枯病是真菌性病害，多发生在育苗的中、后期。主要危害幼苗茎基部或地下根部，初为椭圆形或不规则暗褐色病斑，病苗早期白天萎蔫，夜间恢复，病部逐渐凹陷、溢缩，有的渐变为黑褐色，当病斑扩大绕茎一周时．最后干枯死亡，但不倒伏。轻病株仅见褐色凹陷病斑而不枯死。苗床湿度大时，病部可见不甚明显的淡褐色蛛丝状霉。
5月中下旬—6月初开始发病，主要为害大苗或育苗番茄的茎基部或地下侧根，病部初呈暗褐色，后绕茎基或根茎扩展，致皮层腐烂，输导组织中断，地上部叶片变黄，果实膨大后因养分供不应求逐渐萎蔫枯死。
刚出土幼苗及大苗均可发病。病苗茎基变褐，后病部缢缩变细，茎叶萎垂枯死；稍大幼苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，幼苗逐渐枯死，但不呈猝倒状；病部初生椭圆形暗褐色斑，具同心轮纹及淡褐色蛛丝状霉，但有时并不明显，菌丝能结成大小不等的褐色菌核，是本病与猝倒病(病部产生白色絮状物)区别的重要特征。
表现为植株萎蔫、枯萎。发病初期，均表现为叶片、顶梢垂萎，特别是中午或强光下更明显，而清晨和傍晚可恢复正常；到发病后期，病株凋萎，死亡。
