青椒对低温很敏感温度低于8摄氏度贮藏时会发生冷害。受了冷害的甜椒萼片和种子变成褐色，果面出现凹陷小斑点、随之受害部位被病菌侵染引起腐烂。冷害也有可能在秋延甜椒采收前即发生。这种在田间就受了冷害的椒不可用于贮藏，否则会造成很大损失。
长途运输鲜辣椒必须冷冻后运输，而且要先盖棉被后盖薄膜加防雨帆布。一周内是没有什么影响的。长途自然预冷散装的鲜辣椒水分就会蒸发，包装后的鲜辣椒不冷冻的话由于颠簸、堆积受压就会腐烂。短途通风预冷会把鲜辣椒的皮吹皱就没有卖相了，最好盖上帆布遮阳、避雨、避风。
辣椒叶霉病，主要为害叶片。最初在叶片上表现为浅黄色，不规则形褪绿斑块，叶背部初生浅白色霉层；不久叶正面变为浅黄色至黄色大斑，且数量较多，不受叶脉限制，叶背部霉层逐渐变为浅灰色至黑褐色绒毛状霉。随病情扩展，叶片由下向上逐渐变成花斑，严重时变黄干枯。与霜霉病相比，叶霉病病叶无明显变脆增厚和上卷现象，后期叶片也很少脱落。叶霉病发病初期由下部叶片开始，而霜霉病多由中部叶片开始。
