清除初侵染源。清理田边丢弃的薯堆，将其集中深埋；清除田间及周边的自生苗，消灭晚疫病菌的初侵染源。该项措施仅适用于西南混作区。
马铃薯晚疫病是由鞭毛菌亚门中的称为致病疫霉的引起；早疫病是由半知菌亚门中的称为茄链格孢引起。病斑在湿度大时上面长出霉层的颜色不同，马铃薯早疫病的病斑上长黑色霉层，而马铃薯晚疫病的病斑上长白色霉层。马铃薯早疫病的病斑有明显的同心轮纹，而马铃薯晚疫病的病斑无同心轮纹。块茎染病，马铃薯早疫病块茎皮下呈浅褐色海绵状干腐；而马铃薯晚疫病常常由于感浅褐色的病斑而呈软腐状。防治方法也不一样。
