典型症状为植株矮化,叶片呈黄绿相间的花叶并皱缩,叶缘下卷或叶片扭曲,质地硬脆,叶脉变褐,有时沿叶脉两侧有许多疱状突起。大豆花叶病症状因品种、感染时期、环境条件以及病毒株系不同而异,可分为轻花叶、花叶、黄斑花叶、曲叶、卷叶、疱叶、畸形叶、皱缩、矮化和顶枯等10种。嫩叶症状较明显,老叶常不表现症状。由带毒种子长出的植株或感病早的植株,3-4叶期即可出现症状。高度感病的品种除上述典型症状外,还出现顶芽或侧芽变褐、萎蔫、枯死及叶片上产生坏死小点等症状。重病株不结实或很少结实。抗病品种通常只表现轻微花叶症状或带毒不显症。病株种子常出现斑驳或变色,变色部分可以脐为中心呈放射状,或通过脐部呈带状,或仅限于脐部周围。斑驳的颜色与种子的脐色一致。斑驳的有无与种子是否带毒无关,即带毒种子不一定都形成褐斑粒,种子表面无褐斑也不一定不带毒。大豆花叶病初期,叶片上会出现轻微的病斑,颜色呈黄绿相间。随着病害的加重,黄绿相间的病斑会逐渐显现,并且在叶脉处开始有凸起,叶片有皱缩的情况,呈不规则状,另外,病斑也会坏死,黄绿相间的也会逐渐变成黄色,叶脉也会枯死,颜色呈褐色。再严重时,叶片皱缩严重、叶脉坏死,整颗大豆植株明显矮化,最终导致死亡。