丝瓜枯萎病在整个生育期均可发病，以开花、抽蔓到结果期发病最多。幼苗发病时，不能出土即腐烂，或出土不久顶端呈现失水状，子叶萎蔫下垂，茎基部变褐色缢缩，发生猝倒死亡。苗期发病，子叶先变黄、萎蔫后全株枯死，茎部或茎基部变褐缢缩成立枯状。成株发病主要发生在开花结瓜后，初表现为部分叶片或植株的一侧叶片，中午萎蔫下垂，似缺水状，但萎蔫叶早晚恢复，后萎蔫叶片不断增多，逐渐遍及全株，致整株枯死。主蔓基部纵裂，纵切病茎可见维管束变褐。湿度大时，病部表面现白色或粉红色霉状物，即病原菌子实体。有时病部溢出少许琥珀色胶质物。
瓜蔓上大型分生孢子梭形或镰刀型，无色透明，两端渐尖，顶细胞圆锥形，有时略呈钩状，基部倒圆锥截形，有足细胞，具横隔0～3个或1～3个，大小1个隔膜的12.5～32.5×3.75～6.25微米，两个隔膜的21.25～32.5×5.0～7.5微米，三个隔膜的27.5～45.0×5.5～10.0微米；小型分生孢子多生于气生菌丝中，椭圆形至近梭形或卵形，无色透明，大小7.5～20.0×2.5～5.0微米。
