进入冬季后，枸杞树体将进入休眠，此期的管理是下一年丰产的关键。清洁田园时，将枯枝落叶清除干净，减少下年病虫发生危害程度，枯枝落叶可深埋或做饮料用。冬季修剪相对安全，可沿树冠自下而上剪除徒长枝，防止冬季冻干或抽干。施肥时，每株施5～10公斤充分腐熟的有机肥，在中心干处50～100厘米处挖放射沟，或在树冠外圈投影处挖圆形施肥槽，深15～25厘米，宽20～30厘米，避免伤根。在土壤昼消夜冻时进行浅灌，每亩灌80方左右，避免积水。灌冬水前，根据树体大小，每亩施优质有机肥，距根基40至60厘米，深度20至25厘米，覆土严密、平整。加强病虫害秋季封园，对树体、地面、埂边、地角、沟边、草丛进行全面封闭，降低害虫越冬基数。对地下害虫严重的枸杞园，冬灌前配以相应药物，降低土壤越冬害虫基数。冬灌时灌水速度要快，防止土壤毛细管接通，蒸发量增加。修剪时，根据不同树龄和品种特性，保持树体主次分明、枝条均匀适中、通风透光良好。冬水后，耙耱保墒，宽行间用机械，树冠下用锹或耙子抓平，减少水分蒸发。冬季寒冷时，用笈笈草或柳枝捆成把，清扫树冠残枝病叶和尘土，集中掩埋，清除越冬病虫源，促进光合作用。