危害棉花苗期的主要虫害有地老虎、金针虫、金龟子(蛴螬)、蝼蛄等地下害虫以及棉蚜、棉叶螨、烟蓟马、棉盲蝽等危害叶片的害虫,以苗蚜危害最重。苗蚜一般在4月下旬至5月上旬棉苗出土时从越冬寄主大量迁移到棉苗上,以5月中旬至6月中上旬发生最重,一年可繁殖20〜30代,常造成棉苗形成“龙头”和卷缩。蕾铃期主要害虫有棉铃虫、红铃虫、棉盲蝽、棉蚜、玉米螟、美洲斑潜蝇、棉蓟马、造桥虫、金刚钻、象鼻虫、烟粉虱、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。栽培棉花常见的病害主要有立枯病、枯萎病、黑腐病、病毒病、茎枯病等。棉花虫害有300余种,常年造成危害的有30余种。按棉花生育期可分为苗期和蕾铃期害虫。主要有枯(黄)萎病、立枯病、炭疽病、疫病、红腐病、病毒病、蚜虫、红蜘蛛、蓟马、蝽蟓、红铃虫、棉铃虫等。棉花苗病主要以立枯、炭疽、猝倒病为主,苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉花苗病多发的重要原因。病害初发时,用多菌灵、代森锌或棉枯净喷雾防治,间隔5-7天,连喷2-3次。棉花病害主要有苗期综合病害、枯萎病和黄萎病。历史上虫害以棉蚜、棉铃虫、棉叶螨为主。虫害以红铃虫和棉叶螨为主,棉铃虫偶有暴发,推广转基因抗虫棉后,红铃虫和棉铃虫已得到有效控制。