温度和湿度条件是影响发病重要的气候因素，玉米普通锈病以温暖高湿天气适于发病，在气温16～23℃，相对湿度时发病重，夏孢子在13～16℃时萌发。有报道指出夜间温度是影响夏孢子形成的主要因素，8℃和32℃夏孢子形成很少且延迟。
玉米南方锈病病菌为专性寄生菌，只能寄生在活的玉米组织上，夏孢子离体后存活时间很短。在南方以夏孢子通过气流辗转传播、蔓延，不存在越冬问题。一年可有多次再侵染。温度26～28℃，相对湿度较高的气候条件，适合该病的流行。
北方地区夏季降雨发生的早的年份，夏孢子来的早，病害的风险性就会更高。因为第一次侵染在一个生长季里发生的越早，病害流行的风险越高。夏天玉米生长季节中降雨量降雨次过高，这个病的风险增大。
由于冬季寒冷，夏孢子和冬孢子能否安全越冬尚存在争议，且也未发现酢浆草与玉米锈病的初侵染存在联系。总之，在北方玉米锈病发生的初侵染菌源主要是南方玉米锈病菌的夏孢子随季风和气流传播而来的。普遍锈病在相对较低的气温(16~23℃)和经常降雨、相对湿度较高(100%)的条件下，易于发生和流行。
