辣椒病毒病发生后造成辣椒“三落”(落花、落叶、落果)，田间症状十分复杂。最常见的有两种类型，其一为斑驳花叶型，所占比例较大，这一类型的植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。其二为黄化枯斑型，所占比例较小，植株矮化，叶片褪绿，呈黄绿色、白绿色甚至白化。植株顶叶变小，狭长，中、下部叶片上常生有褐色坏死环状斑(褪绿变黄的组织上由许多褐色坏死小点组成环状斑)，有时病斑部开裂，病叶极易脱落。后期腋芽抽生丛簇状细小分枝。
由于侵染辣椒的病毒种类较多，病害症状表现较复杂，常见的有以下4种类型：①花叶型。初期叶脉呈现轻微褪绿，并出现浓淡相间的花叶斑纹，植株没有明显的矮化现象，不落叶，也无畸形叶片。严重时叶脉出现皱缩，导致叶面凹凸不平，生长缓慢。植株矮化，辣椒果实瘦小并出现深浅不同的纹斑，僵化，难以转红。②黄化型。病株从嫩尖幼叶开始变黄，然后出现大量落叶、落花、落果。③坏死型。病株部分组织坏死，表现为斑点、条斑、顶枯、坏死斑驳及环斑等，严重时可造成落叶、落花、落果，甚至整株枯死。④畸形。病株变形，节间缩短、矮化，枝叶丛生，叶片增厚，变小或呈线状，病果黄绿相间，不平整，易脱落。
