定植后，起初病株白天枝叶萎蔫，傍晚至次晨恢复，反复多日后整株枯死。病株的根颈部及根部皮层呈淡褐色至深褐色腐烂，极易剥离，露出暗色的木质部。病部一般仅局限于根及根茎部。该病近年发生面积迅速扩大，为害日趋严重。辣椒根腐病是辣椒常见的病害之一，各菜区均有发生，露地栽培、保护地栽培都可发病。春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。发病严重时常造成根系腐烂、植株枯死。
主要为害甜、辣椒茎基部及维管束，病株部分枝和叶片变黄萎蔫，茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。此外，木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，也可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展；尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状，拔出幼苗，主根变为黄褐色，次生根坏死脱落；茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，后腐烂，致幼苗枯死或矮化。
辣椒根腐病多发生于定植后。发病初期病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复，症状反复数日后叶片全部萎蔫，但叶片仍呈绿色。病株的根茎部及根部皮层呈淡褐色及深褐色腐烂，极易剥离，露出木质部；横切茎观察，可见维管束变褐色，后期潮湿时可见病部长出白色至粉红色霉层。
