防控时注意田间降湿，清除病残体，保护好伤口，初期可用春雷王铜、喹啉铜、氯溴异氰尿酸、噻霉酮等药剂进行叶面喷施，也可结合活土君枯草芽孢杆菌冲施，以增强防效。
选用抗病品种：选择抗病品种，是防治辣椒疮痂病最有效的方法。2004年有调查显示，不同的辣椒品种发病率存在显著差异，其中以湘研1-6号、16号、早丰一号等品种抗病性较强。并采用无病土的营养钵育苗，可减少伤根率，降低发病率。采用无病种子：从无病株或无病果上选留种子。有计划地轮作：发病地块需与非茄科作物进行间隔3年的轮作换茬，并注意配合深耕减少病株体的残存。结合耕地，每亩撒施100千克石灰粉后再耕翻，可加快病菌死亡速度。实施配方施肥，施足基肥：定植后，注意松土、追肥，促根系早发。但开花前不能施肥过多、过浓，以免植株疯长，容易感病。加强栽培管理：采用地膜覆盖的膜下滴灌，避免大水漫灌，并合理通风换气，防止温、湿度过高；同时及时清除病残体，减少侵染菌源。
1.合理轮作。实行与非茄科作物2年以上轮作。2.种子处理。用种子量0.3％～0.4％的47％春雷·王铜可湿性粉剂拌种；或用1％盐酸溶液浸种20～30分钟，再用清水洗净后催芽播种。3.加强管理。采用高垄覆膜栽培，严禁大水漫灌，有积水及时排水；重视室内清洁，及时清除病残组织，深埋或烧毁。4.药剂防治。发病初期，可选用2％春雷霉素水剂500～600倍液，或47％春雷·王铜可湿性粉剂600～800倍液，或72％农用链霉素可溶性粉剂4000～5000倍液，或77％氢氧化铜可湿性粉剂400～500倍液喷雾防治。隔7～10天喷1次，连续2～3次。
