水稻种子的含水量是安全贮藏的重要条件。为了使水稻更好地达到安全水分标准，种子的含水量由收获时的25%左右，经过干燥处理，降低到13%，并使空气的相对湿度达50%~75%，以适于长期贮藏，否则谷堆容易发热而产生霉坏变质。
具体水分国标可参考国标，但大多数种子的水分要求不超过13%。稻谷的水分含量控制在13%以内，可以进行粮仓库存，粮仓要通风系统好，不宜吸潮等等，同时还要有化验室，经常抽检稻谷的质量，比如水分就是一个问题，可以采用SFY-6冠亚粮食水分仪进行监控。
水稻种子水分含量的多少是直接关系到稻种在贮藏期内的安危状况。据试验证明，种子水分降低到6％左右，温度在0℃左右，可以长期贮藏而不影响发芽率。水分为13％的稻种可安全度过高温夏季。水分超过14％的稻种，到第2年6月份发芽率会有下降，到9月份则降至40％以下，而水分为12％以下的稻种，可保存3年，发芽率仍有80％以上。水分在15％以上，贮藏到翌年8月份以后，种子发芽率几乎全部丧失。然而稻种水分对发芽率的影响，往往与贮藏温度密切相关。贮藏温度在20℃，水分10％的稻种保存5年，发芽率仍在90％以上。温度在28℃，水分为15.6％∼16.5％的稻种，贮藏1个月便生霉。因此，种子水分应根据贮藏温度不同加以控制。