防治玉米腐穗病，可以选用抗病品种，使用福尔马林浸种，再适期播种，出苗后加强田间管理。在抽穗发病初期，喷施多菌灵或苯菌灵乳油、甲基硫菌灵等药剂防治，隔7至10天一次，根据病情用药1至2次。
生长期：病原菌的传播方式因病原菌不同而不同。曲霉菌可由昆虫传播。镰刀菌可由突然转播通过系统侵染由根到玉米的穗部。病菌种子、病残体上越冬，为初浸染病源。病菌主要从伤口侵入，分生孢子借风雨传播。温度在15~28℃，相对湿度在75%以上，有利于病菌的浸染和流行，高温多雨以及玉米虫害发生偏重的年份，穗腐和粒腐病也较重发生。收获储藏：玉米成熟以后在地里长时间不收会增加粒腐病的发生。秋后成熟期多雨会导致玉米的颗粒染病。玉米粒没有晒干。入库时含水量偏高。以及贮藏期仓库密封不严，库内温度升高，也利于各种霉菌腐生蔓延，引起玉米粒腐烂或发霉。防治方法。①实行创作，清除并消毁病残体。适期播种，合理密植，合理施肥，促进早熟，注意虫害防治，减少伤口浸染的机会。玉米成熟后及时采收，充分晒干后入仓贮存。②药剂拌种及药剂防治，参照玉米干腐病的防治方法。
穗腐病由镰刀菌和曲霉菌传播的，曲霉菌由昆虫传播，镰刀菌由根传播穗部，其病菌在土中、病残体上、种子上越冬，次年借风雨传播，借伤口侵入，高温多雨和虫害发生偏重的年份，穗腐病发生重。
一般玉米吐丝至成熟期，降雨天气多，田间湿度大，有利于穗腐病发生；田间玉米螟和棉铃虫危害严重的地块，穗腐病发生较重。
