发病初期，可选择用以下药剂进行防治：春雷霉素；硫酸链霉素；水合霉素，或噻唑锌。重点喷洒病株基部及地表，使药液流入菜心效果为好。
芹菜软腐病属于细菌病害，在防治上可选用中生菌素、春雷霉素、喹啉铜药液进行整株喷洒，喷洒的重点主要在近基部的茎叶以及植株周围地面，一般每5-7天喷洒一次，连续喷洒2-3次。
1、合理密植，起宽垄种植，以便于浇水、排水。发病期应减少浇水或暂停浇水。2、实行2年以上轮作，轮作作物以大麦、小麦、豆类、葱蒜类为宜，忌与十字花科、茄科及瓜类等蔬菜轮作。3、播种或定植前早耕翻整地，改进土壤性状，提高肥力、地温，促进病残体腐解，减少病菌来源。4、定植松土或锄草时避免伤根，防止病菌由伤口侵入。
