辣椒苗期染病一般多从近地面的根基茎部位和分枝叉口处开始发病，受害茎秆会先水浸状软腐，然后造成病害部位变黑褐软腐，并会导致幼苗病害部位以上的部分发生倒伏、萎枯而死的现象。
2.防治(1)选种与种子消毒：从无病留种株上采收种子，引进商品种子后，在播前用咯菌腈种衣剂包衣。(2)施行轮作：发病田施行与非茄科、葫芦科作物轮作2—3年。(3)加强田间栽培管理：合理密植，科学施肥，控制浇水量。(4)清洁田园：及时拔出病株，带出田外深埋或烧毁，收获后清除病残体，并耕翻土壤，减少再侵染。发病严重的地块可进行休耕。(5)药剂防治。可使用氟菌·霜霉威、烯酰吗啉、醚菌酯等药剂，按照使用说明进行防治。
辣椒疫病俗称黑杆，是由辣椒疫霉菌侵染所引起的、发生在辣椒上的病害。辣椒疫病苗期和成株期均可发生，以成株期发病为主。病菌可侵染根、茎、叶、果。在日光温室内发生普遍，是日光温室辣椒生产上毁灭性病害，发生严重时常造成绝收。
辣椒疫病。苗期发病，茎基部呈暗褐色水浸状软腐病或猝倒，又称苗期猝倒病。果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑。迅速变褐软腐病，湿度大时长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果留在枝干。
