叶片发病后，初期多出现长椭圆形淡褐色的小斑点，后小斑点扩大成许多小斑连成不规则的褐色斑块，病斑中部灰白色，其上密生黑色子粒，病叶多卷曲枯死。叶鞘发病，变黄褐色，常使叶片早枯。茎节受害显褐色病斑，其上也产生黑色小粒。严重时被害节上部的茎秆变暗褐色而枯死。
小麦从种子萌发至成熟期均可受小麦颖枯病菌为害，但主要发生在小麦穗部和茎秆上，叶片和叶鞘也可被害。穗部症状在乳熟期最明显，多在穗的顶端或上部小穗上先发生，初在颖壳上产生深褐色斑点，后变枯白色，扩展到整个颖壳，并在其上长满菌丝和小黑点(分生孢子器)，病重的不能结实。叶片上病斑初为长椭圆形，淡褐色小点，后逐渐扩大成不规则形病斑，边缘有淡黄色晕圈，中间灰白色，其上密生小黑点。病斑在叶的正、背面都可发生，但以正面为多。有的叶片受侵染后无明显病斑，而全叶或叶的大部变黄；剑叶被害多卷曲枯死。叶鞘发病后变黄，上生小黑点，常使叶片早枯。茎节受害呈褐色病斑，其上也生细小黑点。病菌能侵入导管将其堵塞，使节部发生畸变，弯曲，上部茎秆变灰褐色而折断枯死。
穗部染病先在顶端或上部小穗上发生，颖壳上开始为深褐色斑点，后变为枯白色并扩展到整个颖壳，其上长满菌丝和小黑点(分生孢子器)；茎节染病呈褐色病斑，能侵入导管并将其堵塞，使节部畸变、扭曲，上部茎秆折断而死；叶片染害初为长梭形淡褐色小斑，后扩大成不规则形大斑，边缘有淡黄晕圈，中央灰白色，其上密生小黑点，剑叶被害扭曲枯死。叶鞘发病后变黄，使叶片早枯。
