(1)农业措施。①选择子粒饱满、发芽率高、发芽势强、成熟度好的棉子作种子，用硫酸脱绒消灭棉种表面病菌，晒种30～60小时，提高种子发芽率和发芽势，增强棉苗抗病力。②合理轮作。发病重的田块应与禾本科作物轮作2～3年以上。③加强田间管理。精细整地，增施腐熟的有机肥或“5406”菌肥。提高播种质量，春播棉以5厘米地温稳定通过15℃时播种为宜，一般覆土4～5厘米为宜。棉苗出土70%左右时进行中耕松土，适当早间苗，降低土壤湿度，提高地温，培育壮苗。及时定苗，将病苗、死苗集中销毁。(2)化学防治。①药剂拌种或包衣。可用50%多菌灵可湿性粉剂按种子质量的0.5%～0.8%进行种子包衣。或用甲霜灵纯药20克拌100千克棉种。②苗期如遇连阴雨天气，田间出现病株时，用50%多菌灵可湿性粉剂或65%代森锰锌可湿性粉剂800～1000倍液，对准根茎部喷雾保护，每周喷1次，连喷2～3次。
选择子粒饱满、发芽率高、发芽势强、成熟度好的棉子作种子，用硫酸脱绒消灭棉种表面病菌，晒种30～60小时，提高种子发芽率和发芽势，增强棉苗抗病力。
药剂防治应掌握高效、低毒、交替用药的原则。“啶虫眯”具有触杀和胃毒作用，对植物叶面有较强的渗透作用，杀虫速度快，持效期较长；“吡虫啉”是硝基亚甲基内吸杀虫剂，具有胃毒和触杀作用；“阿维菌素”是具有触杀、胃毒和内吸作用。这里推荐的伏蚜防治的农药为啶虫脒、吡虫啉、噻虫嗪、阿维菌素、藜芦碱、苦参碱、印楝素、烯啶虫胺、氟啶虫胺腈等，不推荐毒死蜱、丁硫克百威、克百威、灭多威、硫丹、敌敌畏、氧乐果、马拉硫磷、辛硫磷等有机磷和菊酯类等广谱大量杀伤天敌农药。
棉花苗期的主要病害棉花苗期的主要病害有：立枯、枯萎、炭疽、茎枯、猝倒、红腐、黑斑、低温寡照等导致的生理病害。棉花苗期病害的症状：烂种、烂芽、烂根、苗黄、苗弱、不发苗。
