辣椒疮痂病主要危害叶片、花梗、茎和果实，尤以叶片和果实受害严重。发病初期，叶片表面出现不规则暗绿色水渍状小斑，常沿叶脉扩展，随后扩大成角斑，病斑中心发白并常穿孔，边缘呈深褐色，一般不出现轮纹。叶片下垂、发黄并脱落，花及幼果与受侵害的花梗一起脱落。茎部染病后纵裂成疮痂状不规则条斑。果实染病表现为黑色圆斑，稍隆起，后期形成疮痂，中间稍凹陷，边缘略隆起。
病原为黄单胞杆菌，在种子和病残体上越冬，成为初侵染源。高温多雨的6—7月份，尤其是暴风雨后，伤口增加，有利于病原传播和侵染，是发病高峰期。品种间抗病性差异较大，甜椒和粗牛角形辣椒发病较重。氮肥用量过多、磷钾肥不足会加重发病。该病主要危害花器、果实及植株顶端生长点。花器染病后变褐腐烂，脱落或留在枝上。果实染病后变褐软腐，果梗呈灰白色或褐色，病组织逐渐失水干枯，湿度大时病部密生白色至灰白色茸毛状物，顶生黑色大头针状球状体，即病菌孢囊梗和孢子囊。
