通常从幼苗茎基开始发病，于茎基一侧出现暗褐色病斑，逐渐凹陷腐烂，严重时扩展到茎四周，最后病部缢缩呈线状，易折倒或整株萎蔫而死苗。病菌侵染根系，引起根系腐烂。
芝麻立枯病是苗期常见重要病害。初发病时，幼苗茎部产生褐色病斑，后绕茎部扩展，最后茎部缢缩成线状，幼苗折倒。发病轻的尚可生长。病部皮层变褐缢缩，遇有天气干旱或土壤缺水时，下部叶片萎蔫，严重的枯死。
初发病时，幼苗茎部产生褐色病斑，后绕茎部扩展，最后茎部缢缩成线状，幼苗折倒。发病轻的尚可生长。病部皮层变褐缢缩，遇有天气干旱或土壤缺水时，下部叶片萎蔫，严重的枯死。
发病初期，植株茎部出现暗绿色病斑。以后逐渐加深，成为黑褐色条斑。发病植株叶片从顶部向下急剧萎蔫，老叶挂垂，继而全株死亡。根部和茎部维管束变为褐色，最后蔓延至髓部，造成空洞。病部常流出菌胶，干燥后变成漆黑晶亮颗粒。叶片发病后，叶脉呈墨绿条斑，有时纵横交错，结成网状，迎光透视，其中心呈油渍状，叶背面脉纹黄色突起呈波浪形。蒴果受害呈水渍状病斑，并且逐渐变成深褐色、粗细不同的条斑，使病蒴瘦缩，蔓延至种子，使种子变成红褐色。受害严重的种子瘦瘪，不能发芽。
