防治水稻烂秧的关键技术是改进育秧技术，改善环境条件，增强小秧抗病力，必要时辅以药剂防治。因地制宜采用旱育稀植、塑盘育秧、温室育秧等新技术。精选成熟度好、纯度高、杂质少的种子。浸种时间要把握好，浸到谷粒半透明、胚部膨大、隐约可见腹白和胚为好，不能时间过长；催芽要做到高温(36—38度)露白、适温(28—32度)催根、淋水长芽和低温炼苗。根据育秧方式、品种特性，确定播种期、播种时和苗龄。加强肥水管理，适时盖膜揭膜，调控秧池(苗床)温度，防冻保温；小水勤灌，薄肥多施，促使秧苗稳健生长，提高抗病力。
药剂防治可选25%甲霜灵可湿性粉剂800-1000倍液或65%敌克松可湿性粉剂700倍液或30%立枯灵可湿性粉剂500-800倍液，喷药时应保持薄水层。也可在进水口用纱布袋装入90%以上硫酸铜100-200g，随水流灌入秧田。绵腐病严重时，秧田应换清水2-3次后再施药。
加强水肥管理，芽期以扎根立苗为主，保持畦面湿润，不能过早上水，遇低温时灌水护芽。一叶展开后可适当灌浅水，2-3叶期灌水以减小温差，保温防冻，寒潮来临要灌“拦腰水”护苗，冷空气过后转为正常管理。薄膜育苗的于上午8-9时要揭膜放风，放风前先上薄皮水，防止温湿度剧变。发现死苗的秧田每天灌一次“跑马水”，并排出。小水勤灌，冲淡毒物。施肥要掌握追肥少而多次，先量少后量大，提高磷钾比例。齐苗后施“破口”扎根肥，二叶展开后，早施“断奶肥”。秧苗生长慢，叶色黄，遇连阴雨天，更要注意施肥。
