大葱软腐病在田间或者贮藏期都可发病，一旦发病，葱长在外部的叶子下放会产生灰白色或者半透明的病斑，叶鞘基部会软化最终往往呈现倒伏。葱头颈部(鳞茎颈部)会出现被水淹过一样的软状凹陷，过不了多久，大葱里面就会腐烂恶臭，等到一定程度还会看见葱底部根茎会流出白色或者褐色伴有恶臭感的汁液。
大葱软腐病的主要症状是多从鳞茎部开始发病，手压病部有软化感，鳞片呈水浸状，并流出白色、黄褐色或黑褐色带有臭味的汁液。
大葱生长后期，植株外部的1～2张叶片基部产生半透明灰白色斑，叶鞘基部软化腐烂，致使外叶折倒，并继续向内扩展，致使整株呈水浸状软腐，并伴有恶臭。
在1-2片外叶的下部产生半透明灰白色斑，叶鞘基部软化F·B，外叶倒折，病斑向下扩展；假茎部发病初期呈水渍状，后内部开始腐烂，散发出恶臭。从脚叶第1-2片外叶的下部开始，由外向内产生半透明灰白斑，而后发黄，后逐渐向上部叶片蔓延，地下茎基部呈黄褐色软腐状，致外叶倒折，病斑向下扩展。鳞茎部染病，初呈水浸状，后内出现黄褐色腐烂，并散发出恶臭味，一拔即断。后期轻病株停止软腐，可生出3-5条新根，并有3-5片新叶尚绿，但植株生长停滞，瘦弱矮小，无产量，重病株叶片全部枯黄，根系腐烂，整株塌地而死。
在大葱或洋葱生长后期，植株外部的1～2张叶片基部产生半透明灰白色斑，叶鞘基部软化腐烂，致使外叶折倒，并继续向内扩展，致使整株呈水浸状软腐，并伴有恶臭。
葱长在外部的叶子下放会产生灰白色或者半透明的病斑，叶鞘基部会软化终往往呈现倒伏。葱头颈部(鳞茎颈部)会出现被水淹过一样的软状凹陷，过不了多久，大葱里面就会腐烂恶臭，等到一定程度还会看见葱底部根茎会流出白色或者褐色伴有恶臭感的汁液。。
其发病部位都是从伤口处开始，一般柔软多汁的组织发病时，初呈水浸状半透明，后表现为表皮下陷，变成褐色，病部组织随即腐烂，呈粘滑软腐状，并发出恶臭；较坚实少汁的组织受害时，也是先呈水浸状，逐渐腐烂，但最后病部组织干缩，变为干腐状。
