西红柿根结线虫主要为害植株地下根部，在线虫刺激下须根和侧根上产生浅黄色串珠状根结，或形成肥肿畸形瘤状根结，形状不规则，串生，表面粗糙。通常在根结之上可再生出细弱新根，再度染病后则形成根结状肿瘤。根上形成很多近球状瘤状物，似念珠状相互连接，初表面白色，后变褐色或黑色。轻病株地上部症状不明显，重病株地上部分表现为矮小、衰弱，叶片呈黄色，中午前后地上部常出现萎蔫，果实少而小，病株提前衰老枯死。天气干燥时易萎蔫或枯萎。
线虫以成虫或卵在病组织里或以幼虫在土壤中越冬。病土和病肥是发病主要来源。该线虫发育适温25-30℃，幼虫遇低温失去活动能力，48-60℃经5分钟致死，在土中存活一年，2年即全部死亡。由于根部被破坏，影响正常的吸收机能，所以地上部生长发育受阻，轻者症状不明显，重者生长缓慢，植株比较矮小，生育不良，结果小而且少。在中午气温较高时，地上部植株呈萎蔫状态；早晚气温较低或浇水充足时，暂时萎蔫又可恢复正常。随着病情的发展，植株逐渐枯死。
根结线虫病为害较轻时，植株地上部没有明显的症状，随着病情发展，植株下部叶片的叶尖和叶缘先变黄，也有少数出现整叶褪绿变黄或黄褐色，而叶脉初为绿色，后逐渐变黄；继而植株叶片自下往上逐渐凋萎，缺水情况下整株萎蔫，晴天中午症状明显，叶片逐渐干枯，干枯时叶柄多呈黄色，而主蔓仍为绿色。高温干旱时病株地上部分中午出现娄蔫或提早枯死。挖出病根，可见大小不一的畸形瘤状结块，主根肥大凹凸不平，侧根明显少于正常植株，并有不规则的瘤块。
