该病毒主要由白背飞虱传毒，不能经种传播，植株间也不互相传毒；介体一经染毒，终身带毒，稻株接毒后潜伏期14-24天。水稻黑条矮缩病发病规律，灰飞虱吸食茎叶传播等。水稻矮缩病毒可由黑尾叶蝉、二条黑尾叶蝉和电光叶蝉传播，以黑尾叶蝉为主。带菌叶蝉能终身传毒，可经卵传染。黑尾叶蝉在病稻上吸汗最短获毒时间5分钟，获毒后需经一段循回期才能传毒，循回期20℃时为17天，29.2℃为12.4天。水稻感病后经一段潜育期显症，苗期气温22.6℃，潜育期11-24天，28℃为6-13天，苗期至分蘖期感病的潜育期短。该病毒只靠灰飞虱、白背飞虱、白带飞虱等传染，其中主要以灰飞虱传毒为主。介体一经染毒，终身带毒，但不经卵传毒。病毒主要在大麦、小麦病株上越冬，有部分也在灰飞虱体内越冬。
不同品种之间，发病轻重确实有差异。杂交稻重于常规稻，两系稻重于三系稻。昆虫有趋绿、趋嫩和趋光性，所以叶色绿、柔嫩的苗昆虫更喜叮食，得病概率大。播种时间不同发病不同，5月播种的中稻因正是稻飞虱随雨水北迁高峰，病害更重。育秧移栽田发病重于直播田及抛秧田；早、中、晚稻混栽区发病重于单季稻连片区；麦后一季晚稻发病重。不同年份之间，同品种发病轻重不同，主要与年份间稻飞虱危害轻重有关，稻飞虱危害重的年份，矮缩病也更重。病毒为害逐年加重，面积逐年扩大。不同管理水平，同品种发病轻重不同，主要与稻飞虱防治是否到位有关。同一品种，管理差发病，管理好不发病。水稻苗龄越小越易感病，潜育期越短。在三叶期感染的，其潜育期为9-14天；在分蘖期感染的则为33天。感染越早，发病越重。早、晚稻和麦都以早栽而又靠近上季作物发病田的发病重，与病田相邻的边行发病更多。
