本病早期治疗可收到较好的效果，但应结合药敏试验结果选择抗菌药物。一般可用汇丰达鸢城“高热混感康+黄芪多糖”治疗。对发病猪采用注射效果较好，每公斤体重0.2ml，一日1次，连用3~5天。用药6小时明显见效，症状明显减轻。同时用红弓败毒和热毒清拌料。
对于猪圆环病毒的紧急治疗方案，要做好以下几点：1、仔猪断奶时尽量减少因饲料更换引起的应激反应，断奶后要继续饲喂之前的饲料10天。2、不要盲目使用抗生素进行治疗，会加重病情，另外针对圆环的暴发特点可采用以下方案：中威银翘散2公斤+莫维欣500克+聚能星500克，连用5天～7天，每月一次。及时将病猪隔离开来，注射肽制剂，饲料中拌入替米考星+盐酸多西环素+蓝圆非太保。
平时要搞好猪舍卫生，做好全面的消毒工作。降低饲养密度，减少环境应激因素，控制继发感染。认真地对待引种工作，引种不慎往往是暴发疫情的主要原因。引进的后备母猪应进行严格的检疫，所购买的种公猪、精液必须无Ⅱ型圆环病毒感染。改进饲养管理，减少应激，合理配制日粮。注意通风与保暖，保持猪舍干燥，改善猪舍的空气质量，降低氨气浓度。去势和注射须遵循良好的卫生和消毒习惯。在猪场内禁养猫、犬，定期驱蚊蝇、投饵灭鼠。搞好种猪群的净化，坚持自繁自养。定期监测，合理制订免疫程序，避免过早或过多地对仔猪免疫，减少各种应激因素对仔猪的影响。在猪Ⅱ型圆环病毒易感期最好不注射应激较大的疫苗，如仔猪副伤寒疫苗、口蹄疫疫苗、气喘病疫苗等，某些可以靠药物预防的细菌性传染病，如猪丹毒、猪肺疫、猪链球菌病、仔猪副伤寒等，可以暂停疫苗注射。