马铃薯的茎根据形态特征和生理功能分为地上茎、地下茎、匍匐茎和块茎四种。地上茎支撑枝叶,运输养分、水分并进行光合作用,其颜色因种、品种而异,有绿到紫褐色变化。由种薯的芽眼或种子的胚轴伸长形成的枝条为地上茎,主茎从种薯和种子上直接伸长,可产生分枝。茎有直立、半直立和匍匐型之分,茎节间分明,茎节着生叶。地下茎是养分水分运输枢纽,起承上启下的作用。匍匐茎由地下茎节上的腋芽萌发而成,是形成块茎的器官,具有向地性和背光性。匍匐茎的长短和数目与种、品种特性及其环境条件密切相关。实生苗没有地下茎,地上是茎,地下是根,结薯种的实生苗从地上茎的节部产生匍匐茎,匍匐茎入土才能形成块茎。块茎是一种缩短而肥大的变态茎,由匍匐茎顶端膨大而成,适于贮存养料和越冬。顶部肥大,有发达的薄壁组织,贮藏丰富的营养物质。块茎表面有许多芽眼,一般作螺旋状排列,芽眼内有2~3个腋芽,仅其中一个腋芽容易萌发,能长出新枝,故块茎可供繁殖之用。新收获的马铃薯块茎在适宜条件下不能立即发芽,必须经过休眠期后才能发芽。